温度差异：首先，最直接的区别就是两种灭菌方法所使用的温度不同。115度灭菌通常用于一些对温度要求不那么严格的设备或物品，而121度则是国际上广泛认可的一种高温消毒技术，常用于医疗器械和实验室用具等。
杀菌效率：不同的温度会影响到微生物被杀死所需的时间和能量。一般来说，较高温度下的灭菌能够在更短的时间内达到相同或更好的杀菌效果。例如，对于某些细菌和病毒，121度可以在几分钟内彻底消除，而115度可能需要更多时间才能达成同样的效果。
操作复杂性：由于120度以上的水蒸气压力非常大，所以进行121℃灭菌时需要额外考虑安全措施，如专门设计的人工控制系统、防护措施以及加强材料结构来抵抗高压力的要求。这使得操作起来相比115℃更加复杂。
设备成本与维护：由于采用了不同的技术标准，两个方法所需的大型设备也各有其特点。对于具有较低工作条件限制（如低压力）的115℃热水循环系统，它们通常比较便宜且易于维护。而为了实现121℃超临界蒸汽滅藻技術，则需要投资更多昂贵且精密化程度更高的地面处理单元，以及相关支持设施，这意味着一次性投入资金要多很多，并且长期运行后可能还会产生更多维修费用。
应用领域选择：根据实际应用场景来选择最合适的灭藻方式是很重要的一步。在那些对质量控制要求不太严格或者预算有限的情况下，115°C热水循环系统就足够了。但是在医疗、食品加工或者其他对卫生安全极为关键的情形中，就必须使用更为严格控制环境条件下的121°C超临界蒸汽滅藅技術，以确保最高水平上的清洁和无害性。
